作者運(yùn)用iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)對(duì)種子發(fā)育過程中蛋白質(zhì)表達(dá)的定量比較,同時(shí)進(jìn)行GO和KEGG通路富集分析。結(jié)果表明所有鑒定的蛋白被分為29類,主要涉及翻譯和碳水化合物代謝。并且作者繪制了p值小于0.01的前20條KEGG通路的氣泡圖。在三對(duì)比較中,普遍富集的途徑包括脂肪酸降解、苯丙素生物合成和脂肪酸代謝。其中,參與α-亞麻酸代謝的DAPs在S3 vs. S1組和S4 vs. S1組中都非常活躍。為了評(píng)估轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組之間的一致性,以及了解轉(zhuǎn)錄后的mRNA在蛋白質(zhì)水平上是如何表現(xiàn)的,作者進(jìn)行了RNA-seq和iTRAQ分析的聯(lián)合分析。證明DEGs和DAPs參與類黃酮的生物合成和脂肪酸代謝。蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)簡(jiǎn)介及應(yīng)用場(chǎng)景。吉林tmt蛋白組學(xué)定性
作者通過iTRAQ蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)鑒定敲低NMT1后發(fā)生變化的蛋白質(zhì)。結(jié)果鑒定到三種上調(diào)蛋白(LXN,RPL29andFAU)和六種下調(diào)蛋白(NMT1,MTPN,AHSG,ALB,GON7andTF)(圖2A)。作者將這些蛋白質(zhì)分別命名為N-豆蔻?;抡{(diào)蛋白(NDP)和上調(diào)蛋白(NUP)。有趣的是,敲低NMT1會(huì)減少NDP和NUP的N-豆蔻?;^表達(dá)NMT1會(huì)誘導(dǎo)NDP和NUP的N-豆蔻?;▓D2B)。在小鼠模型中,敲除NMT1會(huì)導(dǎo)致NDP和NUP的去N-豆蔻?;?,這可以通過在肝臟中表達(dá)外源性NMT1來部分逆轉(zhuǎn)(圖2C)。這些發(fā)現(xiàn)表明,盡管NMT1對(duì)NDP和NUP的表達(dá)起著相反的作用,但NMT1同時(shí)刺激NDP和NUP的N-豆蔻?;V東酶蛋白組學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)的特點(diǎn)蛋白質(zhì)組和蛋白質(zhì)組學(xué)的概念。
單細(xì)胞蛋白組學(xué)研究方法:2020年9月,加州大學(xué)的MinnieM.Sarwal課題組在FrontiersinMedicine發(fā)表的題為“Near-Single-CellProteomicsProfilingoftheProximalTubularandGlomerulusoftheNormalHumanKidney”的研究成果,通過單細(xì)胞蛋白組學(xué)研究方法,分析正常人近端腎小管和腎小球區(qū)域的腎臟細(xì)胞,研究為解開急性和慢性腎臟疾病病因和腎臟亞細(xì)胞功能擾動(dòng)提供依據(jù)。中文標(biāo)題:正常人腎臟近端腎小管和腎小球的單細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)分析研究對(duì)象:人體腎臟組織發(fā)表期刊:FrontiersinMedicine影響因子:5.091發(fā)表時(shí)間:2020年9月運(yùn)用重點(diǎn)組學(xué)技術(shù):?jiǎn)渭?xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)
TMTpro-16plex等標(biāo)記試劑已經(jīng)發(fā)布一年,廣受科研工作者喜愛。但是,對(duì)于6組3重復(fù)、3組6重復(fù)的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì),16plex卻難以滿足。TMTpro? 18-plex標(biāo)記蛋白組會(huì)是更好的選擇方式。其中基于質(zhì)譜儀平臺(tái)的蛋白組學(xué)近年來備受青睞,穩(wěn)定同位素標(biāo)記策略也被廣泛應(yīng)用于多重定量蛋白質(zhì)組學(xué)中。鹿明生物推出Thermo Scientific? TMTpro? 18-plex標(biāo)記蛋白組,18個(gè)樣本以內(nèi),可實(shí)現(xiàn)一次標(biāo)記和分級(jí),避免了多批次標(biāo)記引入的批次效應(yīng),能***提升樣本的數(shù)據(jù)質(zhì)量。同時(shí)對(duì)更多蛋白質(zhì)鑒定和定量,提供了樣本的多通路處理水平。這個(gè)技術(shù)可謂是2021年的又一創(chuàng)新技術(shù)。一文了解DIA、TMT/iTRAQ、傳統(tǒng)Label free蛋白組學(xué)區(qū)別在哪。
本研究通過生理和蛋白質(zhì)組學(xué)分析在冬油菜中鑒定了大量的冷脅迫響應(yīng)蛋白。探討了冬油菜耐凍性增強(qiáng)的機(jī)理和低溫脅迫對(duì)冬油菜形態(tài)和生理生化變化的影響。文章以耐凍型Longyou 7和冷敏感型Lenox為材料,通過iTRAQ標(biāo)記蛋白組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析,揭示了谷胱甘肽轉(zhuǎn)移酶活性、碳水化合物結(jié)合和谷胱甘肽結(jié)合、代謝過程及IAA反應(yīng)與冷應(yīng)激反應(yīng)密切相關(guān),鑒定出了Longyou 7和Lenox之間的DAPs,這些DAPs參與氨基酸、碳水化合物、脂質(zhì)和能量代謝,對(duì)提高冬油菜的耐凍性發(fā)揮了重要作用。蛋白質(zhì)組與代謝組聯(lián)合分析。江蘇蛋白組學(xué)ppt
蛋白質(zhì)組學(xué),蛋白質(zhì)組分析,專業(yè)的多組學(xué)聯(lián)合分析。吉林tmt蛋白組學(xué)定性
iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)研究方法:2021年4月,南京林業(yè)大學(xué)喻方圓教授(一作:吳岐奎)課題組在JournaloftheScienceofFoodandAgriculture期刊發(fā)表了題為“ProteomicanalysisofmetabolicmechanismsassociatedwithfattyacidbiosynthesisduringStyraxtonkinensiskerneldevelopment”的研究成果,通過轉(zhuǎn)錄組學(xué)+iTRAQ標(biāo)記定量蛋白組學(xué)研究方法,分析東京野茉莉種子發(fā)育過程中脂肪酸生物合成相關(guān)基因的表達(dá)趨勢(shì),確定油脂積累的主要影響因子并構(gòu)建其調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。為野茉莉?qū)僦参锓N子油用研究和后續(xù)功能分析研究提供了一定的研究基礎(chǔ)。吉林tmt蛋白組學(xué)定性
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