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為了更全檢測小麥中所有環(huán)狀RNA的表達(dá)情況，研究人員分別對PEG和水處理后的小麥幼苗葉子進行環(huán)狀RNA測序，共發(fā)現(xiàn)了88條環(huán)狀RNA。通過對環(huán)狀RNA的基因組來源進行分析，發(fā)現(xiàn)環(huán)狀RNA可分為5類，其中基因間（intragenic）產(chǎn)生的環(huán)狀RNA占大多數(shù)。接下來，研究人員系統(tǒng)分析了不同樣本之間環(huán)狀RNA的表達(dá)情況，發(fā)現(xiàn)62條環(huán)狀RNA差異表達(dá)，這暗示著這些環(huán)狀RNA可能在脫水應(yīng)激中發(fā)揮作用。為了驗證測序結(jié)果的準(zhǔn)確性，研究人員挑選了16條環(huán)狀RNA，利用“divergent primers”進行環(huán)狀RNA定量PCR檢測。circRNA主要由外顯子構(gòu)成，少部分由內(nèi)含子環(huán)化形成。河南RIP環(huán)狀研究

研究背景： 利用高通量測序手段，研究者們在擬南芥、小鼠、果蠅和人體內(nèi)都發(fā)現(xiàn)了環(huán)狀RNA的高度表達(dá)，證明了環(huán)狀RNA在不同物種中存在。目前，已經(jīng)進行過環(huán)狀RNA研究的物種數(shù)量還非常有限，環(huán)狀RNA數(shù)據(jù)庫circBase中已收錄的物種有7個。作為一種重要的模式生物，非洲爪蟾的環(huán)狀RNA尚未見報道。本文通過云序生物提供的一站式環(huán)狀RNA測序、環(huán)狀RNA定量PCR、環(huán)狀RNA的RNase R耐受性實驗和生物信息學(xué)服務(wù)于全世界進行了非洲爪蟾環(huán)狀RNA表達(dá)譜的構(gòu)建，為后續(xù)研究脊椎動物環(huán)狀RNA的生物學(xué)功能奠定了基礎(chǔ)，非常具有借鑒意義。黑龍江外泌體環(huán)狀DNA測序環(huán)狀RNA（circRNA）是一類特殊的非編碼RNA分子，也是RNA領(lǐng)域新的研究熱點。

環(huán)狀RNA是什么？ 環(huán)狀RNA（circRNAs）是一類不具有5’末端帽子和3’末端poly(A)尾巴、并以共價鍵形成環(huán)形結(jié)構(gòu)的非編碼RNA分子。目前發(fā)現(xiàn)的circRNAs主要來源于基因外顯子exon，但還有其他類型，比如來源于內(nèi)含子intron，基因間intergenic，反義鏈antisense，重疊區(qū)sense overlapping。首先需要確定好研究物種，疾病模型，樣品類型等基本信息。接下來，通過高通量手段即RNA-seq（云序提供全轉(zhuǎn)錄組-seq或circRNA-seq）或文獻報道，篩選差異表達(dá)的circRNA。如果想短平快的發(fā)表3-5分的文章，那么表達(dá)譜分析顯得再合適不過了。如果有大量的臨床樣本，那么做分子標(biāo)志物也是很easy的，思路和表達(dá)譜分析相似如下圖展示，不過多了臨床樣本的統(tǒng)計和驗證。（比如KM曲線，ROC曲線，PAM分析等等）

中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射醫(yī)學(xué)研究所劉強團隊利用云序生物提供的全轉(zhuǎn)錄組測序服務(wù)成功揭示了circRNAs在小鼠空腸輻射后表達(dá)的變化，為研究circRNAs在輻射致腸損傷中的作用提供了靶分子。高質(zhì)量的測序技術(shù)對每一個環(huán)狀的表達(dá)都做到準(zhǔn)確檢測，生信分析可視化從宏觀角度（染色體分布、成環(huán)位置）給出了所有對于放射處理后在小鼠空腸組織當(dāng)中環(huán)狀RNA分子的表達(dá)情況。篩選差異表達(dá)的環(huán)狀RNA進行環(huán)狀RNA定量PCR驗證，GO分析揭示包括結(jié)合、催化、細(xì)胞因子和細(xì)胞分泌等GO條目均發(fā)生富集。KEGG分析預(yù)測結(jié)果顯示差異環(huán)狀RNA的靶基因與MAPK信號通路相關(guān)，理論與預(yù)測完全相符。海綿機制預(yù)測ceRNA網(wǎng)絡(luò)圖，按照海綿機制的反式調(diào)控方式，該網(wǎng)絡(luò)中包括42個上調(diào)和48個下調(diào)的環(huán)狀RNA分子，以及預(yù)測相互結(jié)合的22個靶基因mRNA。circRNA與白血病、惡性膠質(zhì)liu、胃ai、肝ai等疾病的發(fā)生、發(fā)展密切關(guān)聯(lián)。

研究一：環(huán)狀RNA分子篩選及驗證 為探索造血干細(xì)胞功能相關(guān)的circRNA分子，作者比較了小鼠不同造血干細(xì)胞（LT-HSC，ST-HSC和MPPs）中全轉(zhuǎn)錄組變化情況，找出了156種明顯性差異表達(dá)的circRNA分子，其中49種在LT-HSC中高表達(dá)。RNase R及qPCR實驗證實其中9種為真實LT-HSC中高表達(dá)環(huán)狀RNA 分子。為有效篩選造血干細(xì)胞相關(guān)的circRNA分子，作者通過體內(nèi)circRNA干擾實驗，發(fā)現(xiàn)只有干擾Cia-cGAS后才能明顯影響小鼠體內(nèi)造血干細(xì)胞亞群分布，并表現(xiàn)為LSK祖細(xì)胞數(shù)量明顯增加，與此同時LT-HSC細(xì)胞數(shù)量明顯減少。因此，作者結(jié)合轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)以及體內(nèi)、體外驗證實驗，錨定Cia-cGAS分子進行后續(xù)分子機制研究。環(huán)狀RNA在tumour領(lǐng)域的研究非常熱門。湖北m5c環(huán)狀

m1A RNA甲基化是一類新發(fā)現(xiàn)的RNA甲基化，即RNA分子腺嘌呤第1位氮原子上的甲基化修飾。河南RIP環(huán)狀研究

環(huán)狀RNA作為研究持續(xù)火熱的明星分子，不同于對其豐富的表達(dá)譜研究，環(huán)狀RNA功能機制研究還處在起步階段。環(huán)狀RNA研究多為miRNA海綿機制，部分circRNA可競爭性結(jié)合miRNA，解除miRNA對靶基因的抑制作用，上調(diào)靶基因的表達(dá)。其實，環(huán)狀RNA可以通過結(jié)合不同種類的功能蛋白，分別在轉(zhuǎn)錄前、后及翻譯水平嚴(yán)格調(diào)控細(xì)胞生殖生長等過程。云序曾對環(huán)狀RNA經(jīng)典研究思路進行過詳細(xì)解析（2018國自然研究熱點一環(huán)狀RNA研究深度剖析），感興趣的老師可以查詢?yōu)g覽。河南RIP環(huán)狀研究

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