銀黃清肺膠囊中14味中藥之間均具有不同數(shù)目的共同靶標(biāo),說明它們之間可能具有某些協(xié)同或拮抗的相互作用關(guān)系;而且各味中藥與銀杏葉之間的共同靶標(biāo)數(shù)均大于其總靶標(biāo)數(shù)的50%,從一定程度上表明,銀杏葉與其他各味中藥之間的關(guān)聯(lián)是比較緊密的。2PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和分析在收集好藥物靶標(biāo)和與慢性相關(guān)靶標(biāo)之后,基于PPI蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)的相互作用關(guān)系將靶標(biāo)與靶標(biāo)之間的相互作用關(guān)系對(duì)提取出來,進(jìn)行了網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建。根據(jù)各個(gè)節(jié)點(diǎn)的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)特征值進(jìn)行篩選,選取了“連接度”等拓?fù)渲荡笥?倍中位數(shù)的節(jié)點(diǎn)作為關(guān)鍵靶標(biāo),并進(jìn)行通路富集分析,篩選出參與慢支病理過程的關(guān)鍵通路。結(jié)果發(fā)現(xiàn),關(guān)鍵藥物靶標(biāo)主要參與到炎癥-免疫相關(guān)通路,其次是神經(jīng)調(diào)節(jié)相關(guān)通路,是參與調(diào)控平滑肌收縮功能。將關(guān)鍵靶標(biāo)對(duì)應(yīng)的藥材以及相應(yīng)的通路進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建,如下圖所示。通過對(duì)上述靶標(biāo)分子主要參與的炎癥-免疫相關(guān)通路的分析,發(fā)現(xiàn)相關(guān)關(guān)鍵靶標(biāo)特別富集于Asthma通路。而富集于這條通路上的藥物靶標(biāo)分子EPX,FCER1G,IL3,IL5和已知與慢性密切相關(guān)的靶標(biāo)分子CCL11,IL4,IL13,IL10被認(rèn)為是關(guān)鍵調(diào)控因子。通過對(duì)大量與慢性病理環(huán)節(jié)相關(guān)的文獻(xiàn)的調(diào)研??梢园l(fā)現(xiàn)這些分子在疾病發(fā)作過程中都扮演著非常重要的角色。比如。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的研究過程需要接觸大量的數(shù)據(jù)庫(kù)和專業(yè)網(wǎng)站。珠海臨床網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)套路
靶點(diǎn)富集分析:DAVID、Metascape等工具的使用方法及結(jié)果解析,代謝組學(xué)結(jié)果的通路富集分析2.基于基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)用CMAP分析藥物作用機(jī)制第二天:網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)實(shí)用技能、研究案例、基金申請(qǐng)(一)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建、分析、美化:Cytoscape軟件的詳細(xì)講解(上機(jī)實(shí)踐)1.靶標(biāo)網(wǎng)絡(luò)、疾病網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和分析2.藥物-靶標(biāo)相互作用網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和分析3.藥物-靶標(biāo)-通路網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建和分析4.代謝物網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建與分析5.網(wǎng)絡(luò)拓?fù)涮卣鞯挠?jì)算;網(wǎng)絡(luò)拓?fù)渲笜?biāo)的含義;重要節(jié)點(diǎn)識(shí)別;模塊分解;網(wǎng)絡(luò)可視化和美化;Cytoscape插件的安裝和使用等(二)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)常用圖形繪制維恩圖、通路富集圖等的繪制(三)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究案例詳細(xì)解讀若干篇SCI論文和博士論文的研究思路和研究方法一步一步地帶領(lǐng)大家分析一個(gè)復(fù)方(四)網(wǎng)絡(luò)網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的基金申請(qǐng)和項(xiàng)目設(shè)計(jì)備注:自帶筆記本電腦,安裝WINDOWSExcel2010等軟件。 珠海臨床網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)套路如何去挖掘成分-靶點(diǎn)、靶點(diǎn)-疾病、靶點(diǎn)-信號(hào)通路之間的關(guān)系?并繪制網(wǎng)絡(luò)關(guān)系圖?
現(xiàn)代基因組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)等“組學(xué)”的發(fā)展,以及系統(tǒng)生物學(xué)視角的引入、創(chuàng)新的生物信息學(xué)工具的研究開發(fā),極大地促進(jìn)了對(duì)于藥物作用機(jī)制(Mechanism of Action, MOA)的研究,并發(fā)展出一系列標(biāo)志性的、創(chuàng)新的研究范式(paradigm)?,F(xiàn)代化學(xué)生物學(xué)(chemical biology)的發(fā)展,積累了海量的關(guān)于小分子化合物的細(xì)胞學(xué)篩選結(jié)果,其對(duì)細(xì)胞的作用機(jī)制的刻畫達(dá)到了前所未有的水平。例如,由美國(guó)麻省理工學(xué)院和哈佛大學(xué)Broad研究院完成的Connectivity Map項(xiàng) 目,利用基因芯片技術(shù)測(cè)量了多種藥物作用于人類細(xì)胞后引起的基因表達(dá)變化圖譜,并形成一個(gè)統(tǒng)一的參考數(shù)據(jù)庫(kù)。
應(yīng)警惕肺纖維化等后遺癥的出現(xiàn)[5,6]?!侗本┦谢謴?fù)期中醫(yī)康復(fù)指導(dǎo)建議(試行)》指出針對(duì)此類肺部炎癥吸收不良或存在肺部機(jī)化的患者,可隨證使用補(bǔ)肺膠囊,加速患者康復(fù)。動(dòng)物實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,補(bǔ)肺膠囊可降低α和IL-6的含量,改善肺組織炎性損傷,還可抑制LPS和煙霧誘導(dǎo)的大鼠氣道壁的杯狀細(xì)胞化生,改善大鼠氣道壁膠原沉積[7,8]。此外,多項(xiàng)臨床研究表明補(bǔ)肺膠囊可改善臨床支氣管患者和煤工塵肺病人的臨床癥狀和血?dú)庵笜?biāo),增強(qiáng)患者肺功能等[9,10]。由此可見,補(bǔ)肺膠囊可減輕肺組織的炎癥反應(yīng),改善患者體征,促進(jìn)患者康復(fù)。本研究采用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)對(duì)補(bǔ)肺膠囊中的化學(xué)成分進(jìn)行研究,利用SwissTargetPrediction數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行靶點(diǎn)預(yù)測(cè),結(jié)合TCMSP和CTD等數(shù)據(jù)庫(kù)得到活性成分的作用靶點(diǎn),再通過PPI分析篩選得到靶點(diǎn),構(gòu)建藥材-活性成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò),對(duì)靶點(diǎn)進(jìn)行GO富集分析和KEGG通路分析,探討補(bǔ)肺膠囊促進(jìn)患者康復(fù)的活性成分和作用機(jī)制。補(bǔ)肺膠囊的化學(xué)組成主要包括黃酮類、酚類、單萜類、香豆素類和皂苷類化合物,具有多種生物學(xué)活性。本研究發(fā)現(xiàn)補(bǔ)肺膠囊中發(fā)揮藥效作用的關(guān)鍵物質(zhì)包括:葛根素、大豆黃酮、原花青素B2、鞣花酸和沒食子酸等。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)是基于系統(tǒng)生物學(xué)的理論,對(duì)生物系統(tǒng)的網(wǎng)絡(luò)分析。
近年來國(guó)際上傾向于用多靶點(diǎn)藥物復(fù)雜疾病,中藥復(fù)方因其多成分、多靶點(diǎn)的特點(diǎn)在國(guó)際醫(yī)學(xué)界及藥物發(fā)現(xiàn)領(lǐng)域獲得了較高的關(guān)注,成為中藥現(xiàn)代化的重要機(jī)遇。國(guó)家在中藥研究方面也有很大力度的投入和支持,中藥復(fù)方的研究已成為近年來研究的熱點(diǎn)和國(guó)家自然基金重點(diǎn)扶持的領(lǐng)域。然而,由多種天然產(chǎn)物配伍而成的中藥復(fù)方,存在成分復(fù)雜、靶點(diǎn)和機(jī)制不清的問題,其研究難度很大,尤其是在SCI論文發(fā)表過程中難以獲得認(rèn)可。將網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)應(yīng)用于中藥復(fù)方研究,打破了傳統(tǒng)的中藥復(fù)方機(jī)制研究的瓶頸,使得原先難以定性的機(jī)制得以預(yù)測(cè)和驗(yàn)證。作為臨床醫(yī)生、科研人員和碩博士研究生,尤其是沒有生物信息學(xué)分析基礎(chǔ)和網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)基礎(chǔ)的初學(xué)者,面對(duì)自己實(shí)驗(yàn)獲得的大量錯(cuò)綜復(fù)雜的基因組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)時(shí),難免會(huì)無從下手分析。不知道如何去解析一個(gè)中藥復(fù)方的作用機(jī)制,如何去挖掘成分-靶點(diǎn)之間的關(guān)系,如何將藥物作用機(jī)制和疾病機(jī)制相關(guān)聯(lián)?如何利用的數(shù)據(jù)挖掘,為自己的中藥復(fù)方研究增添亮點(diǎn)?如何利用生物信息學(xué)技術(shù),解析中藥復(fù)方作用機(jī)制?本次學(xué)習(xí)班將邀請(qǐng)長(zhǎng)期從事網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)研究的專業(yè)人士,結(jié)合個(gè)人實(shí)踐經(jīng)驗(yàn),帶領(lǐng)廣大學(xué)員,共同學(xué)習(xí)將網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的研究方法用于中藥復(fù)方研究。如何利用生物信息學(xué)的方式解析中藥復(fù)方/單體的作用機(jī)制,把疾病-藥物-機(jī)制三者關(guān)聯(lián)在一起?珠海臨床網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)套路
如何利用GEO等數(shù)據(jù)庫(kù)。珠海臨床網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)套路
網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)(networkpharmacology[1])從系統(tǒng)生物學(xué)和生物網(wǎng)絡(luò)平衡的角度闡釋疾病的發(fā)展過程、從改善或恢復(fù)生物網(wǎng)絡(luò)平衡的整體觀角度認(rèn)識(shí)藥物與機(jī)體的相互作用并指導(dǎo)新藥發(fā)現(xiàn)。2007年英國(guó)Dundee大學(xué)、藥理學(xué)家AndrewL.Hopkins[1]率先提出了此概念,之后,"網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)"被迅速應(yīng)用于眾多領(lǐng)域的研究中,顯示出重要的理論和實(shí)際應(yīng)用價(jià)值。網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)的是“網(wǎng)絡(luò)靶標(biāo)”。網(wǎng)絡(luò)靶標(biāo)被“國(guó)際千名醫(yī)學(xué)家”(F1000)推薦為藥理學(xué)必讀論文。網(wǎng)絡(luò)靶標(biāo)是指生物網(wǎng)絡(luò)中,能夠機(jī)制性關(guān)聯(lián)藥物和疾病,并定量表示藥物整體調(diào)節(jié)作用機(jī)理的網(wǎng)絡(luò)關(guān)鍵環(huán)節(jié),包括關(guān)鍵分子、關(guān)鍵通路或關(guān)鍵模塊等。珠海臨床網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)套路
廣州市智匯基因科技有限公司辦公設(shè)施齊全,辦公環(huán)境優(yōu)越,為員工打造良好的辦公環(huán)境。專業(yè)的團(tuán)隊(duì)大多數(shù)員工都有多年工作經(jīng)驗(yàn),熟悉行業(yè)專業(yè)知識(shí)技能,致力于發(fā)展智匯基因,科研風(fēng)暴的品牌。公司以用心服務(wù)為重點(diǎn)價(jià)值,希望通過我們的專業(yè)水平和不懈努力,將技術(shù)服務(wù)生信分析、生物信息分析、多組學(xué)分析、生物信息個(gè)性化分析、數(shù)據(jù)挖掘、質(zhì)量保證。常見數(shù)據(jù)庫(kù)挖掘:TCGA、GEO、ICGC等數(shù)據(jù)庫(kù)下載、整理與挖掘,差異分析,預(yù)后分析,生存分析,WGCNA,免疫浸潤(rùn)分析,蛋白互作分析。R可視化分析,畫圖(熱圖,火山圖,氣泡圖,韋恩圖,相關(guān)性圖。等業(yè)務(wù)進(jìn)行到底。自公司成立以來,一直秉承“以質(zhì)量求生存,以信譽(yù)求發(fā)展”的經(jīng)營(yíng)理念,始終堅(jiān)持以客戶的需求和滿意為重點(diǎn),為客戶提供良好的生信分析,SCI,TCGA,GEO,,單細(xì)胞測(cè)序,網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué),WGCNA,KEGG,從而使公司不斷發(fā)展壯大。
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